Доминирующая религия - ислам суннитского толка (83% населения). Русская Православная церковь - 1 епархия, 45 приходов, 1 женский монастырь, около 280 тысяч человек (примерно 5% населения). Русская Старообрядческая Православная церковь - 1 приход (Бишкек) Древлеправославная поморская церковь - 3 общины. Апостольская Православная Реформированная Церковь - 8 декабря 2007 года Максим Братухин был рукоположен священником (рукополагал еп.Алексий Скрипников-Дардаки) и основал независимый либеральный инклюзивный (принимающий в церковь представителей ЛГБТ) православный приход в Бишкеке. Католическая церковь - апостольская администратура, в состав которой входит три прихода и несколько малых групп, порядка 500 верующих, которых окормляют 5 священников. Евангелическо-лютеранская церковь в Киргизской Республике - 17 приходов. Лютеранская церковь в Малайзии и Сингапуре - 1 миссия (основана в 2006 году). Лютеранская церковь "Конкордия" - 35 приходов и групп, более 600 человек. Объединенная методистская церковь - 6 приходов, более 200 человек. Пресвитерианские церкви - в Киргизии зарегистриновано 36 пресвитерианских общин, многие из них созданы корейскими миссионерами. Новоапостольская церковь - 2 прихода (Бишкек и Карабалта).
